通過ISO22000—食品安全管理體系認證，企業向政府和消費者證明自身的質量保證能力，證明自己有能力提供滿足顧客需求和相關法規的安全食品和服務，因而有利于開拓市場，獲取更大利潤;也是提高企業質量管理水平和生產安全食品，提高置信水平的保證。
企業要申請認證應滿足幾個基本條件：
一、產品生產企業應為有明確法人地位的實體，產品有注冊商標，質量穩定且批量生產；
二、企業應按GMP和ISO22000管理體系的要求建立和實施了食品安全管理體系，并有效運行；
三、企業在申請認證前，ISO22000體系應至少有效運行三個月，至少做過一次內審，并對內審中發現的不合格實施了確認、整改和跟蹤驗證。
當企業具備了以上的基本條件后，可向有認證資格的認證機構提出意向申請。此時可向認證機構索取公開文件和申請表，了解有關申請者必須具備的條件、認證工作程序、收費標準等有關事項。這時認證機構通常要求企業填寫企業情況調查表和意向書等。當然，不同的認證機構對此有不同的要求。在正式申請認證時，申請者應按認證機構的要求填寫申請表，提交食品安全管理手冊、程序文件、SSOP、ISO22000計劃書及其他有關證實材料供認證機構文件審核。
認證機構對申請企業提交的申請材料進行審查，決定是否受理申請。如果決定受理申請，則雙方簽定合同；如果不受理，認證機構以書面形式通知申請者并說明理由。文件審查主要看企業編寫的體系文件能否滿足相關認證標準的要求，衛生標準控制程序（SSOP）能否滿足GMP的要求，ISO22000計劃書制定的是否合理，危害分析是否充分等。
當簽定了認證合同后，認證機構一般按如下程序進行審核：組成審核組、文件審核、初訪或預審核、現場審核前的準備、現場審核并提交報告。對于申請產品ISO22000認證的企業，還要進行產品型式檢驗，認證機構根據規定要求審查提交的質量體系審核報告和產品形式檢驗報告后，編寫產品質量認證綜合報告，提交認證機構的技術管理委員會審批，據此作出是否批準認證的決定。對批準通過認證的企業頒發認證證書并進行注冊管理。對不批準認證的企業書面通知，說明原因。
認證證書上注明了獲證企業的名稱、生產現場地址（如為多現場應注明每一現場的地址）、體系覆蓋產品、審核依據的標準及發證日期等。獲得認證證書的企業，應按認證證書及標志管理程序的有關規定使用證書，并接受認證機構的監督與管理，認證機構將依據規定的要求作出維持、暫停或撤銷的決定。
食品企業通過認證后還應接受認證機構的證后監督和復評。根據"以ISO22000為基礎的食品安全體系認證機構認可實施指南"的有關規定，認證機構可確定對獲證企業的以ISO22000為基礎的食品安全體系進行監督審核，通常為半年一次（季節性生產在生產季節至少每季度一次），如果獲證企業對其ISO22000為基礎的食品安全體系進行了重大的更改，或者發生了影響到其認證基礎的更改，還需增加監督審核頻次。復評是又一次完整的審核，對ISO22000為基礎的食品安全體系在過去的認證有效期內的運行進行評審。認證機構每年對供方全部質量體系進行一次復評。
許多企業在建立體系之初，總希望獲證越快越好，但隨著工作的深入，企業就會認識到，建立和實施ISO22000體系實際上是一個學習和實踐的過程，必須要經過一定的時間才能完成。要想順利通過ISO22000認證并取得效果，學好標準是前提，編好文件是基礎，有效運行是保證，而每一個環節都需要時間作為基本保證條件。
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